Tesouro Guarani acompanha o cineasta Mbya-Guarani Ariel Kuaray Ortega, protagonista e um dos diretores do filme, em uma jornada junto com sua mãe, Elsa, em busca de um dos tesouros das Missões que teriam sido escondidos pelos padres jesuítas após serem expulsos das Reduções Jesuiítas Guarani do Rio Grande do Sul